Layaknya sistem pendidikan pesantren, kampus STITMA Yogyakarta memiliki empat pusat pendidikan yang terdiri dari masjid sebagai pusat kegiatan; tokoh agama sebagai tokoh sentral, asrama sebagai representasi keluarga dan masyarakat, dan kegiatan akademik sebagai representasi pendidikan formal. Dengan keempat pusat pendidikan tersebut mahasiswa dan pendidik hidup bersama di bawah naungan nilai-nilai Islam seperti ketulusan, kesederhanaan, kemandirian dan persaudaraan. Semua nilai syariah ini mempengaruhi semua aktivitas sehari-hari di dalam kampus maupun di asrama.
Sistem ini dirancang khusus untuk membentuk lingkungan pendidikan di mana mahasiswa dapat berinteraksi dengan pendidik untuk menanamkan pengetahuan dan pengalaman mereka secara langsung. Selain itu, dalam sistem asrama mahasiswa memiliki kepengurusan untuk mengelola kegiatan mereka sendiri, untuk pengembangan potensi spiritual, intelektual dan fisik mereka, termasuk peraturan penegakan hukum dan regulasi mereka sendiri.
Di kampus pesantren ini dengan segala fasilitasnya, mahasiswa dapat dengan leluasa menjalankan aktivitasnya di semua aspek sesuai bakat masing-masing, di bawah bimbingan para musyrifnya.