STITMA Yogyakarta sebagai sekolah tinggi berbasis pesantren, tetap memegang teguh sistem pembelajaran ala pesantren yang mana mulazamah bersama para ulama menjadi program unggulannya. Dengan kitab-kitab klasik warisan ulama salaf, para mahasiswa dididik dan disiapkan sebagai pendidik umat, kader dai dan ulama rohani.
Alhamdulillah, Allah mudahkan bagi kampus STITMA Yogyakarta untuk mendatangkan para masyaikh dari timur tengah yang memiliki keahlian di bidang Tafsir Al-Quran, Hadits, Fiqih dan Ushul Fiqih Qiro’at Al-Qur’an, Bahasa Arab. Diantara Para Masyaikh pengajar STITMA :
- Syaikh Dr. Arif Anwar Nur, (Ahli Fiqih dan Ushul Fiqih)
- Syaikh Dr. Nashar Muhammad ( Ahli Tafsir dan Ushul Tafsir )
- Syaikh Dr. Muhammad Jalal, (Ahli Akidah dan Hadits)
- Syaikh Dr. Abdullah Ahmad Mubarok Bawadi ( Ahli Ushuluddin )
- Syaikh Dr. Abdu Zohir Saqr Al Mesry ( Ahli Qiro’ah Tajwid Bersanad )
- Syaikh Dr. Akrom ( Ahli Qiro’ah Tajwid Bersanad )
Mahasiswa juga didik untuk mengimplementasikan ilmu-ilmu yang telah dikuasainya dengan program Khidmat Pengabdian, yaitu program yang wajib dilaksanakan setelah selesai menempuh masa studi. Mahasiswa diwajibkan membantu kegiatan kepesantrenan sesuai kemampuan dan minatnya.